La Ley de Municipios Autónomos del Estado Libre Asociado de Puerto Rico de 1991 dispone una estructura de gobierno municipal compuesta de una Rama Ejecutiva y una Rama Legislativa. El poder ejecutivo lo ejerce un Alcalde electo por el voto directo de los electores calificados del municipio correspondiente en cada elección general, mientras que las facultades legislativas son ejercidas por una Asamblea o Legislatura Municipal, cuyos miembros son igualmente electos por el voto directo de los electores del municipio a que corresponda en cada elección general. Tanto el Alcalde como los miembros de la Legislatura Municipal son electos por un término de cuatro años.

Los miembros de la Legislaturas Municipales son escogidos mediante un sistema electoral bajo el cual los partidos políticos sólo pueden postular trece, once, y nueve candidatos a las Asambleas Municipales compuestas de dieciséis, catorce, y doce miembros respectivamente; en San Juan los partidos pueden postular catorce candidatos y en Culebra, cuatro. Entonces, se declaran electos entre todos los candidatos, a los trece, once, nueve, catorce y cuatro que hayan obtenido la mayor cantidad de votos directos. De surgir un empate para determinar la última posición entre los miembros electos por el voto directo, se utiliza el orden en que aparecen en la papeleta, de arriba hacia abajo, para determinar cuál resulta electo.

Los tres miembros restantes de cada una de las Asambleas Municipales - a excepción de Culebra que tiene sólo uno adicional - se eligen de entre los candidatos de los dos partidos principales contrarios al que pertenece la mayoría de los legisladores municipales electos mediante el voto directo, de la siguiente manera: se declaran electos entre los candidatos que no hayan sido electos por el voto directo, aquéllos dos que hayan obtenido más votos en el partido que llegó segundo en la votación para legisladores municipales, y uno del partido que llegó tercero. En el caso de Culebra, el legislador municipal adicional que se declara electo es del partido segundo en la votación para legisladores municipales.

En el caso del segundo partido, de haber más de dos candidatos con la misma mayor cantidad de votos, se utiliza el orden en que aparecen en la papeleta, en la columna del partido, de arriba hacia abajo, para determinar cuál resulta electo. Esta disposición también aplica para elegir el candidato de minoría del tercer partido. De haber solamente dos partidos en la papeleta electoral, los tres miembros restantes se eligen entre los candidatos que hayan obtenido más votos y que no hayan sido electos por el voto directo en el partido que llegó segundo en la votación para legisladores municipales.

Al sistema electoral utilizado para escoger los miembros de las Legislaturas Municipales se le conoce internacionalmente como el sistema de voto limitado. Este sistema fue introducido para la elección de los asambleístas municipales en 1960, si bien una variante del mismo fue utilizada para las elecciones a la Cámara de Delegados de Puerto Rico celebradas en 1912 y 1914. El sistema de voto limitado se utiliza también en España, donde fue implantado para las elecciones parlamentarias celebradas durante la Segunda República de 1931-36, y para las elecciones al Senado a partir de 1977, cuando se reestablece un sistema de gobierno democrático en dicho país.

El sistema de voto limitado tiene como propósito el garantizarle a los partidos de minoría un mínimo de representación en las Legislaturas Municipales, y de esta manera impedir que el partido de mayoría monopolice la representación en dichos cuerpos.

La Elección de los Legisladores Municipales de Vieques en 2004

En las elecciones generales celebradas el 2 de noviembre de 2004 en la isla municipio de Vieques, cuatro fuerzas políticas concurrieron a la contienda municipal: el Partido Popular Democrático (PPD); el Partido Nuevo Progresista (PNP); el Partido Independentista Puertorriqueño (PIP); y una candidatura independiente. Éstas obtuvieron los siguientes resultados para la elección de los miembros de la Legislatura Municipal:

Partido Popular Democrático	Partido Nuevo Progresista	Partido Independentista Puertorriqueño	Candidatos Independientes
1  Francisco J. Pimentel Maldonado 2,322	1  Marcelino Díaz Nieves   1,381	1  Carmelo Belardo Salgado   297	1  Francisco Estrada Rodríguez 1,205
2  Manuel Pérez Pérez   2,288	2  Frances Colon Cruz   1,364	2  Carlos Ruiz Vázquez   278	2  José A. Félix Cruz   1,207
3  Gertrudis Guadalupe Guadalupe 2,294	3  Irma Colon Fernández   1,351	3  Felícita Sanes Torres   284	3  Héctor L. Meléndez Vegerano 1,205
4  Douglas Vélez Bermúdez   2,282	4  Roberto Cabezudo Rosario   1,356	4  Luz Landró Maldonado   264	4  Derek J. Rionda Mercado   1,206
5  Luis A. Ilarraza Rodríguez   2,288	5  Héctor Ortiz Velásquez   1,355	5  Rafael Williams Brache   276	5  José M. Cruz Rodríguez   1,198
6  Francisco Saldaña López   2,285	6  Lizzie I. Benjamín Rivera   1,352	6  Carmen Rivera Acevedo   260	6  Benjamín Feliciano Parrilla   1,201
7  Juan A. Cruz Díaz   2,282	7  Angel E. Martorell Padilla   1,343	7  Carmen Corcino Mata   272	7  José E. Feliciano Maldonado   1,221
8  Gilberto García Ortiz (Pimpo)   2,256	8  Víctor M. Martínez Narváez   1,342	8  Brenda Liz Corcino Rosa   263	8  Carlos E. González Foster   1,218
9  Julio Serrano López   2,245	9  José Luis Colón Báez   1,329	9  Reinaldo Camacho Rodríguez 266	9  Carmen N. Perea Velázquez   1,207

Según los resultados de la votación, los nueve candidatos del PPD obtuvieron el mayor número de votos, por lo cual éstos fueron declarados electos por mayoría del voto directo. El PNP quedó en segundo lugar, por lo cual le correspondieron dos de los tres escaños de minoría, adjudicándose el escaño final a la candidatura independiente, la cual obtuvo un número sustancial de votos y desplazó al PIP como la tercera fuerza electoral en dicho municipio.

No obstante, el PIP acudió a los tribunales, alegando que los escaños de minorías en las Legislaturas Municipales le corresponden a los partidos políticos que hayan comparecido a las elecciones y no a candidatos independientes. De hecho, al amparo de este argumento el PIP había conseguido en elecciones generales anteriores que se le adjudicara el tercer escaño de minorías en municipios en los cuales había quedado en cuarto lugar, con menos votos que candidaturas independientes que habían logrado el tercer puesto.

Aunque el Tribunal de Apelaciones emitió una decisión en la cual se le adjudicaba el escaño de minoría en la Legislatura Municipal de Vieques al PIP, el Tribunal Supremo de Puerto Rico revocó dicha decisión el martes, 28 de junio de 2005. Según la opinión firmada por el juez presidente, Federico Hernández Denton, la decisión del Tribunal de Apelaciones hizo caso omiso del "claro mandato expresado en las urnas por los electores viequenses y la voluntad común de un grupo de éstos de presentarse como una alternativa a los candidatos de los principales partidos políticos". El Tribunal Supremo sostuvo que "el mecanismo para garantizar la representatividad de las minorías no está limitado a los partidos políticos", estipulándose que el concepto de "partido político" de la Ley de Municipios Autónomos incluye a "cualquier agrupación de individuos o candidatos independientes que hayan comparecido válidamente a una elección y hayan obtenido la segunda o tercera posición de entre las alternativas electorales de una elección".